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一 同济大学交通运输工程学院
交通运输工程学院所属主要学科的历史可以上溯到1952年，在院系调整中，同济大学、交通大学、复旦大学、清华大学等院校土木工程相关专业合并建立同济大学公路铁路与桥梁系。1959年，交通部在同济大学成立了交通部同济大学公路研究所。50~70年代，铁路工程专业调整到上海铁道学院，道路工程专业则留在同济大学继续发展，并于80年代在全国率先开设交通工程专业，道路交通学科发展成为同济大学在国内具有重要地位，得到国际认同的优势学科。2000年，随着上海铁道大学与同济大学的合并，集中两校道路与机场工程、城市轨道与铁道工程、交通工程与交通运输管理，交通信息工程等方面的师资力量，组建了同济大学交通运输工程学院。
二 北京交通大学交通运输学院
交通运输学院是北京交通大学历史最悠久的学院。1986年，运输管理工程专业被国家批准为全国首批硕士学位授予单位。同年成为首批博士学位授予单位。1987年运输管理工程学科被国家批准为全国重点学科。2001年，在国家组织的第二批重点学科评比中，交通运输规划与管理继续被评为该领域全国3个重点学科之一。
交通运输学院下设运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、旅游管理系、系统工程与控制研究所、系统科学研究所、交通运输系统模拟实验室及电子商务实验室。目前，学院拥有交通运输工程1个博士后流动站，交通运输规划与管理、系统工程等3个博士点，交通运输规划与管理、系统工程、系统分析与集成、系统理论、安全技术及工程和环境工程等6个硕士点，交通运输、交通工程、旅游管理、电子商务4个本科专业和1个部级开放实验室。学院还有交通运输工程、控制工程2个工程硕士点。
三 北京航空航天大学飞行学院
飞行学院由北京航空航天大学与中国南方航空集团公司于1993年9月联合创立，其中心任务是培养民用运输飞机驾驶员及民航管理人员，设飞行技术本科专业，2004年新增交通运输（民航规划与管理）专业。
飞行学员实行半封闭式的准军事化管理，食宿相对独立。学生先在本院进行2年理论学习，然后进行2年飞行训练和实习。
四 吉林大学交通学院
吉林大学交通学院的前身是1956年成立的国内第一个汽车运用与修理专业，1992年5月经原机械工业部与交通部批准，在汽车运用工程专业和运输管理工程专业的基础上，组建了吉林工业大学交通学院，2000年6月更名为吉林大学交通学院，是我国高校中成立较早、实力较强的交通学院之一。
五 东南大学交通学院
东南大学交通学院成立于1995年，其前身可追溯到原中央大学工学院土木工程系的路工组、1987年成立的运输工程研究所、1989年成立的交通运输工程系。2000年4月，原南京高等专科学校、原南京地质学校的相关学科并入交通学院，组建成立了新交通学院。设有8个系，拥有1个博士后科研流动站、2个一级学科博士点、覆盖6个二级学科博士点和9个硕士点，设置7个本科专业。
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